Cuando el 2 de julio de 1807 los ingleses intentaron apoderarse de Buenos Aires por segunda vez, el convento fue teatro de un glorioso episodio. Los invasores se habían atrincherado allí, y desde la única torre (actual del lado este) que tenía en aquel entonces ofrecían resistencia a las fuerzas de Santiago de Liniers. Muchas de las balas de cañón disparadas hacia el convento dieron en ella, destruyéndola. Al reconstruir dicha torre, se clavaron en ella tacos de madera que representan las esquirlas de dichas balas, en recuerdo del hecho histórico. En la época de Juan Manuel de Rosas, don José María Iturriaga hizo retirar las balas verdaderas y como recuerdo colocó en su lugar tacos de madera que son los que hasta hoy se conservan. Cuatro banderas tomadas por Liniers a los ingleses se guardan en el Convento de Santo Domingo
